Les Kawasaki Ninja e-1 et Z e-1 sont dotées de deux batteries lithium-ion amovibles. Les multiples options de recharge offrent une plus grande flexibilité et facilitent l'utilisation au quotidien. Les deux batteries lithium-ion pèsent chacune 11,5 kilos. La recharge externe* peut se faire en connectant la moto à un chargeur dédié alimenté par une prise de courant domestique 220 V. Il est également possible de retirer les batteries et de les charger séparément. Le temps de charge par batterie est d'environ 3,7 heures pour une recharge complète, 1,6 heure pour une charge partielle (20 % >> 85 %).
*La recharge externe fait référence aux systèmes de recharge qui ne sont pas propres au véhicule lui-même. Le chargeur de batterie (qui reçoit du courant alternatif et le convertit en courant continu nécessaire pour charger les batteries) étant situé à l'extérieur de la moto, il s'agit bien d'une recharge externe.