Mesurant 310 mm (même taille que les disques utilisés sur la ZZR 1400), le disque avant semi-flottant de la Ninja 400 offre une puissance de freinage efficace. La rigidité du maître-cylindre avant offre une meilleure progressivité, pour toujours plus de contrôle, tandis que les dimensions et les matériaux sélectionnés du flexible de frein contribuent au meilleur contact des freins. La Ninja 400 possède le dernier système ABS Nissin, le plus léger et compact disponible.