La Ninja ZX-6R est équipée d'étriers monoblocs à montage radial puissants et rigides, offrant un contrôle optimal et une sensation au levier de freinage ferme. Les disques de freins avant de type pétales en acier inoxydable semi-flottant de ø310mm de diamètre contribuent à un freinage puissant. Les étriers de freins offrent eux aussi un excellent feeling et contrôle. Le disque de frein arrière de type "pétales" de ø220mm et l'étrier de frein provenant de la Ninja ZX-10R offrent de bonnes performances et un bon contrôle de la moto. Le levier de frein arrière offre un excellent freinage et sensations. La pneumatique de dernière génération Bridgestone, les BATTLAX HYPERSPORT S22, contribuent à une tenue de route agréable, tout en offrant une adhérence supérieure sur le sec comme sur le mouillé, se traduisant par une confiance et un plaisir accrue pour le pilote.